关于菌群移植的安全性，没有做过或接触过的人可能有所疑虑，但临床实践已经证明，菌群移植是一项安全、绿色且低风险的世界性医疗新技术。

据了解，欧美国家早已开展菌群移植技术，极少有严重不良反应的报道。在我国的话，菌群移植也开展了相当一段时间了，也未发现严重不良反应。

当前，菌群移植（FMT）已经正式写入中华医学学会消化病学分会《炎症性肠病诊断与治疗专家共识意见》。

早在2019年，国家《生物医学新技术临床应用管理条例》就已经将菌群移植列为了中低风险生物医学新技术。

肠道菌群移植技术作为重建肠道菌群平衡的有效手段，也被认为是近年来全球突破性医学进展，涉及胃肠道、代谢系统、神经系统等多个疾病种类，在临床应用上具有非常广阔的前景，而且也得到了广大使用人群的认可。