近些年来，“肠-脑轴”学说受到了国内外医疗界的广泛关注。该学说认为肠道不仅是消化、排泄器官，人体50%的多巴胺、95%的血清素均与肠道有关，因此肠神经系统也被称为人的“第二大脑”。

现代医学研究也发现，肠道菌群会直接或间接参与大脑神经以及全身免疫系统的运行并发挥作用，而这正是肠菌移植的科学基础。

而且医疗人员在对孤独症儿童进行观察时还发现，这些孩子除了具有“封闭自我”这个极为明显的外显症状之外，他们的肠道往往都存在各种各样的问题，例如便秘、腹泻、腹痛等肠道类病症。

         再有就是孤独症的临床案例也显示，通过肠菌移植治疗儿童孤独症时，他们的精神状态和行为出现了一定的改善。凡此种种，都说明肠菌移植对于儿童孤独症有一定的改善作用。