对肠道微生物不利的生活方式主要有三方面，具体如下：

一、食物太精细。相较于饮食精细化程度高的人，吃杂粮、粗粮较多的人群，肠道微生物多样性通常更高。精加工食品可能会使用更多食品添加剂，而部分食品添加剂可能影响肠道菌群。 

二、滥用抗生素。抗生素的发明挽救了无数生命，但其强大的杀菌能力不只针对致病菌，也会杀灭人体内许多固有菌，以致微生态环境发生改变。临床可见不少使用抗生素不当导致的严重腹泻，其根源就是肠道内环境失衡。 

三、环境太干净。现代城市卫生条件改善，使许多传染病得到遏制，但过度追求干净的环境，会造成微生物多样性下降。人体内的微生物既包括有害菌，更有数量庞大的有益菌，当人们创造“干净环境”将致病菌隔绝在外时，有益菌的种类也会减少。