肠道微生物的状况与生活方式息息相关，但大体上主要与以下三方面因素有关系：

食物太精细。相较于饮食精细化程度高的人，吃杂粮、粗粮较多的人群，肠道微生物多样性通常更高。精加工食品可能会使用更多食品添加剂，而部分食品添加剂可能影响肠道菌群。

滥用抗生素。抗生素的发明挽救了无数生命，但其强大的杀菌能力不只针对致病菌，也会杀灭人体内许多固有菌，以致微生态环境发生改变。临床可见不少使用抗生素不当导致的严重腹泻，其根源就是肠道内环境失衡。