以菌生药，以药养菌

该疗法的核心理念源于中医的“五行理论”，认为菌群平衡与人体脏腑器官息息相关。通过特殊制备技术提取传统中药中的高活性生物成分制成菌生药，温和且纯度高，能剔除杂质和有害成分。 

调节肠道菌群平衡

菌草微生态制剂含有多种有益菌，如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等。这些有益菌进入肠道后，与有害菌竞争生存空间和营养物质，抑制有害菌的生长繁殖，从而快速恢复肠道内的菌群平衡。肠道菌群平衡对于脑肠轴的正常功能至关重要，因为肠道菌群可以通过分泌各种代谢产物，如短链脂肪酸等，与大脑进行信息交流，当菌群平衡恢复后，有利于改善脑肠轴的功能。 

修复肠道黏膜屏障

在脑肠轴功能紊乱时，肠道黏膜可能受到损伤。菌草微生态新疗法中的有益菌在肠道内定植后，能够分泌一些生物活性物质，如短链脂肪酸等，这些物质可以为肠道黏膜细胞提供能量，促进肠道黏膜细胞的修复和再生，增强黏膜屏障的完整性，防止有害物质进入肠道，进而通过脑肠轴影响大脑的功能，有助于改善紊乱状况。 

改善神经内分泌调节

菌草微生态新疗法中的有益菌可以通过与肠道神经等相互作用，影响神经内分泌系统的调节。它们能够调节肠道相关神经递质的释放，如血清素（5 - 羟色胺）等，血清素是一种重要的神经递质，在情绪调节和肠道蠕动等方面都有重要作用。通过调节血清素等神经递质的释放，能够改善大脑的情绪状态和肠道的蠕动功能，从而对脑肠轴功能紊乱起到治疗作用。