第一阶段：潜伏期。此时肠道黏膜仅有轻微炎症的浸润，免疫系统尚能控制，患者无典型症状或表现为轻微腹痛、腹泻，易被误认为“吃坏肚子”或“肠易激综合征”，大部分人不会采取措施。

第二阶段：发作期。肠道菌群失衡和免疫记忆形成，进入不可逆阶段，此时会有大量炎症因子被释放，肠镜下可见黏膜充血水肿，糜烂或溃疡，临床上可诊断为溃疡性结肠炎或克罗恩病，需及时采取措施。