从身体状况来看，不论是重病、外伤等疾病状态，或手术、放化疗等治疗措施导致的免疫力下降，都会影响肠道微生物种类，但这些改变通常是暂时的，有可能对人类肠道微生物多样性造成长期损害的，主要还是现代生活方式和环境的改变。专家将导致肠道微生物种类减少的主要原因，大致归为三类： 　　

食物太精细。

相较于饮食精细化程度高的人，吃杂粮、粗粮较多的人群，肠道微生物多样性通常更高。精加工食品可能会使用更多食品添加剂，尽管添加剂的合理使用是安全的，但也有研究显示，部分食品添加剂可能影响肠道菌群。 　　

滥用抗生素。

抗生素的发明挽救了无数生命，但其强大的杀菌能力不只针对致病菌，也会杀灭人体内许多固有菌，以致微生态环境发生改变。临床可见不少使用抗生素不当导致的严重腹泻，其根源就是肠道内环境失衡。此外，在抗生素刺激下“进化”出的耐药菌，也成为肠道微生态失衡的重要因素之一。 　　

环境太干净。

现代城市卫生条件改善，使许多传染病得到遏制，但过度追求干净的环境，会造成微生物多样性下降。人体内的微生物既包括有害菌，更有数量庞大的有益菌，当人们创造“干净环境”将致病菌隔绝在外时，有益菌的种类也会减少。 　　

人类从过去的狩猎采集生活，一步步进化到适应现代城市生活，生理上必然会发生巨大改变。此外，现代人日益增加的压力也可能导致肠道微生物种类减少。 　　

人的肠道就像大森林，天然森林中的物种越丰富，越有助于维持生态平衡，健康的肠道也是如此，需要保持微生物的多样性以维护体内微生态的平衡。保持微生物多样性，是基于有益菌种越多越好的原则。