肠道微生物生态系统是指定居于人体消化道内、由数以万亿计微生物构成的复杂群落。

据估算，人体胃肠道内微生物总量超过100万亿，其细胞总数曾被认为是人体细胞的十倍，但最新研究修正了这一比例，指出两者数量接近1:1平衡状态。 

这一生态系统的建立始于生命早期，其结构受婴儿阶段的多重因素塑造：包括妊娠周期、分娩方式、喂养模式及辅食添加时机，同时受抗生素使用等外部环境因素影响。

至成年期，微生物群落整体趋于稳定，但因个体肠型特征、体重指数、运动习惯、生活方式及饮食文化的差异，不同人群间仍存在显著区别。 

婴幼儿时期肠道菌群多样性持续增长，至两岁半左右其物种组成、结构复杂度及功能活性已接近成人特征。尽管成年后微生物群落处于动态平衡状态，但仍持续受到外界因素的调节。