肠道微生物群落包含细菌、真菌及病毒等多类微生物。在细菌分类体系中，仅有少数门类在肠道中占据主导地位，涵盖160余种菌种。其中厚壁菌门、拟杆菌门作为核心菌群，约占总量90%；放线菌门、变形菌门、梭杆菌门及疣微菌门共同构成补充体系。

       厚壁菌门包含乳酸杆菌、芽孢杆菌、梭菌及肠球菌等200多个属，其中梭菌属占比高达95%。放线菌门虽数量较少，但以双歧杆菌属为代表具有重要功能。

       肠道不同区段的微生物分布呈现显著差异，这主要受pH值、氧含量及消化液流速调控。小肠因快速排空（3-5小时）及高胆汁浓度形成挑战性环境；而大肠凭借缓慢流速、近中性pH条件，孕育了以专性厌氧菌为主的最大规模微生物群落。